Pembiasaan shalat dhuha berjamaah merupakan salah satu upaya yang positif yang dilakukan oleh madrasah untuk menumbuhkan karakter didisiplin kepada santri. Selain itu juga diharapkan hati dan pikiran santri dihiasi dengan keimanan dan ketakwaan kepada Allah swt.
Pembiasaan sholat dhuha ini dilakukan setiap hari dikelas masing-masing dengan didampingi oleh ustad/ustadzah. Tetapi pada hari sabtu pembiasaan sholat dhuha ini dilaksanakan secara berjama’ah dari seluruh kelas putra dan putri yang dilaksanakan di masjid.
Pembiasaan sholat dhuha berjamaah ini akan terus diprogramkan sebab hal tersebut sejalan deng visi dan misi MIM PK Wirogunan dan juga memberikan dampak yang positif bagi para santri karena dengan adanya shalat dhuha di waktu pagi para santri menjadi lebih disiplin datang tepat waktu ke sekolah, waktu menjadi lebih efektif, dan santri menjadi lebih tertib. Selain itu, ada juga beberapa manfaat dari shalat dhuha seperti dipermudahnya rizki, hati menjadi tenang, pikiran menjadi konsentrasi, mendapatkan kemudahan, dan lain sebagainya.
Dengan membiasakan santri untuk shalat dhuha sejak dini, diharapkan juga shalat dhuha ini akan menjadi rutinitas yang biasa dilakukan dan tidak dapat dipisahkan dari kehidupan sehari-hari. Setelah melaksanakan shalat dhuha santri juga diajarkan untuk berdoa. Semoga dengan kita melakuakn shalat dhuha rizki kita dipermudah oleh Allah, dipermudahkan juga segala urusan kita, diberikan kesehatan, panjang umur, dan diberikan keistiqomahan dalam beribadah kepada-Nya.